克隆人战争已经进行了三年，共和国承受着杜库伯爵(克里斯托弗•李饰)为首的分裂主义联盟的不断攻击，邪恶的格里弗斯(Grievous)将军率领军队攻入共和国首都，并绑架走了帕尔帕廷议长，欧比旺(伊万•麦克格雷格 饰)和阿纳金(海登•克里斯滕森 饰)驾机前往营救，在贸易联盟的飞船上，阿纳金与三年前让自己失去右手的杜库展开决斗，他最终砍掉了杜库伯爵的双手并将他杀死。
在这次绑架事件后，帕尔帕廷要求议会给他更大的权力，同时他也为阿纳金争取到了参与杰迪长老会的权力，而受到延续生命蛊惑的阿纳金也开始了解到帕尔帕廷的专制主义，因为对帕尔帕廷的忠诚，他与阿米达(娜塔丽•波曼 饰)之间的关系也产生了阴影。欧比旺和克隆军团司令官科迪进攻格里弗斯率领的机器人军队，欧比旺杀死了格里弗斯将军致使机器人军团彻底瘫痪，长达三年的克隆人战争终于结束了，但迎接他们的却是绝地武士惨遭清洗屠杀。
帕尔帕廷向阿纳金说出了自己是达斯•普拉奎斯的弟子，阿纳金无法抉择，于是赶往杰迪神殿将情况告诉了尤达大师。尤达率领着三名杰迪大师立即赶去帕尔帕廷的官邸。但议长却在此时用出众人前所未见的剑法杀死了除尤达外的其他杰迪大师，然而他依然不是尤达的对手，阿纳金请求尤达放过帕尔帕廷，尤达没有理会他，阿纳金愤怒拔剑，砍断了尤达拿剑的手，他向帕尔帕廷跪下，归顺了西斯武士，被西迪欧斯授予了“达斯•维德”这个西斯名字。
帕尔帕廷来到议会发表演说，声称尤达想刺杀他，杰迪武士已经完全背叛了共和国，宣称将共和国改为帝制。黑暗皇帝现身了！他的第一个命令就是取缔杰迪体制，消灭所有的杰迪武士！阿纳金和暴风军团闯进杰迪神殿，大开杀戒，将包括儿童在内的所有杰迪武士全部杀害。欧比旺与阿纳金进行了决裂大战，跌落熔岩而肢体残缺的阿纳金被帝国医疗机器人救活，并被安装了机械装置，包裹上黑色盔甲。对阿纳金极度失望的阿米达拉早产生下儿子卢克和女儿莉亚后永远闭上了眼睛，两个婴儿被带到不同星球抚养。此时银河中的死星已开始建造……
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