影片改编自加拿大国家邮报专栏记者乔治•乔纳斯的纪实小说《复仇》，谈到拍摄动机，斯皮尔伯格表明：将“慕尼黑惨案”搬上银幕不是为了向世人进行某种说教，而且他也不认为任何一本书、一部电影或一件艺术作品就能打破今日中东地区的僵局，在以色列和巴勒斯坦人相互仇杀的过程中，必须有人站出来为和平呐喊，因为中东地区最大的敌人并非巴勒斯坦人或以色列人，而是该地区这种相互不妥协、不信任的气氛，影片虽然讲述的是仇杀报复的故事，但实际上却是在为和平而祈祷。
与12年前发人深省的史诗巨作《辛德勒名单》一样，《慕尼黑》也是犹太人题材，但不同的是，《慕尼黑》中的犹太人不光是值得同情的受害者，也是用恐怖对抗恐怖的复仇者，所以在题材的把握上就对创作方提出了更高的要求，尽量以客观公正的立场，最大限度地还原历史真实。因为《世界大战》拍摄的顺利成行，斯皮尔伯格延迟了《慕尼黑》的拍摄，故事没有从政治军事的角度切入，剧本最初由《阿甘正传》、《惊爆内幕》等片的编剧艾瑞克•罗斯执笔，但初稿审核后，斯皮尔伯格认为艾瑞克的剧本惊险有余、人性反思的力度不足，因此请来美国当代最重量、也最政治化的《天使在美国》的剧作家托尼•库什纳负责把关修改，后者善于通过剧作去沉思、质疑各种压迫政治体系下人性的本质或人们面对时代的道德责任。
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