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因为在影片正式拍摄前，《骇客帝国3：革命》的主要演员都接受了特殊的中国功夫训练，并且接受袁和平的亲自武术指导和林迪安率领的袁家班的具体设计，加上演过第一集和第二集后，演员的武打动作已经非常娴熟。“经过第一集艰苦的摔打后，在拍摄第二集和第三集时，他们对动作和技巧的掌握已经到了很高的水平，远远超出了我原先对他们的要求”，武术指导袁和平说。基诺·里维斯在回想武打训练时还有些后怕：“第三集的拍摄要比第一集辛苦三倍”，他每天都花费将近7个小时的时间来训练，这是因为“尼奥的武打动作柔韧而复杂，很难掌握”。
自从《骇客帝国2：重装上阵》上映，香港数位资深武打设计师就对影片的武打动作颇有微词，指责影片在第一集后没有创新，还是以快慢速结合的旋转镜头为主，而且有点过于零乱复杂反而让观众留不下深刻印象。
对于第三集的武打动作，袁和平将会更加强调中国功夫，尤其是突出武打动作的优美和简练，总体上要比第二集的迟滞好看得多。同时，在360度旋转的设计之后，这次常常会将角色放在三维空间，让翠妮蒂等角色在武打时常会突破地心引力的限制，站立在墙壁上甚至是天花板上和敌人战斗。
和武打动作一样，沃卓斯基兄弟在第二集的特技制作也受到非议，而且认为很多特效有脱离剧情之嫌。在第三集中，特技除了延续沃卓斯基兄弟特有的风格外，还在对背景的处理上更多的借鉴日本3D动画技术，特技人员运用精良的3D技术模仿了非常自然的环境，包括天空、水和火焰以及演员的某些特殊表情。
最精彩的是结尾部分尼奥和史密斯大战到空中闪电雷鸣的场景。“就连沃卓斯基兄弟也对动画制作后的效果惊叹不已，那些非自然的天空闪电场面实在是太精美了。”特技制作人员这样爆出内幕，“拍摄尼奥和史密斯水中大战时，我们就是运用了3D技术，将每个角落的混乱和秩序努力做到平均，使画面整体感觉像打高尔夫球一样，击中画面的每一个角落。”
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